• ФГБНУ «ВНИРО» (Москва)
• Азово-Черноморский филиал
• Алтайский филиал
• Атлантический филиал
• Байкальский филиал
• Волгоградский филиал
• Волжско-Каспийский филиал
• Вологодский филиал
• Камчатский филиал
• Карельский филиал

• Красноярский филиал
• Магаданский филиал
• Нижегородский филиал
• Новгородский филиал
• Новосибирский филиал
• Пермский филиал
• Полярный филиал
• Псковский филиал
• Санкт-Петербургский филиал
• Саратовский филиал

• Сахалинский филиал
• Северный филиал
• Татарский филиал
• Тихоокеанский филиал
• Тюменский филиал
• Уральский филиал
• Филиал по пресноводному рыбному хозяйству
• Хабаровский филиал
• Якутский филиал